Ziel der Wurzelkanalbehandlung ist es die Wurzelkanäle des erkrankten Zahnes zu reinigen, um sie dann mit einem Füllwerkstoff zu versiegeln. Die Entstehung weiterer schmerzhafter Entzündungen soll so verhindert werden. Häufig gestaltet sich dieser Eingriff aber als schwierig, begründet in ihrer anatomischen Struktur der Wurzelkanäle. Oftmals sind sie derartig abgekrümmt und verkalkt, dass ein Zugang nur schlecht möglich ist. Zudem gleicht die Form des Wurzelsystem von Zähnen mit ihren Verästelungen einem auf dem Kopf stehenden Baum. So ist es in der Regel wohl meist möglich, die Hauptkanäle zu reinigen und aufzufüllen. Die Seitenkanäle hingegen bleiben oft unberücksichtigt und stellen dann ideale Brutplätze für schädliche Bakterien dar. Zur Reinigung wird das Wurzelkanalsystem zunächst mechanisch aufbereitet. Ergänzt wird diese mechanische Reinigung durch Spülung der Kanäle mit desinfizierenden Lösungen.

Mit neueren Techniken wie das Ultraschallverfahren, die Lasertherapie und den Einsatz von Ozon kann man die Therapie optimieren und einen besseren Langzeiterfolg erwarten. Mit diesen Methoden versucht man auch diejenigen Regionen des Kanalsystems zu sterilisieren, die für mechanische Instrumente nicht zugänglich sind. Diese Techniken sind zeit- und kostenintensiver und sind daher zu reinen Kassenleistungen nicht zu erbringen. Nach der Wurzelfüllung ist es unbedingt erforderlich, den Zahn mit einer Teilkrone oder Krone zu versorgen. Es liegt meist ein zu starker Zahnhartsubstanzdefekt vor, welcher bedingt durch die notwendige Behandlung dazu spröde geworden ist. Bei einer reinen Füllungstherapie ohne zeitnahe Überkronung wird es über kurz oder lang zu einer Kronenfraktur kommen.